等位基因的分离发生在减数第一次分裂后期，所以只要是进行减数分裂的细胞必然会发生等位基因的分离。

比如，精母细胞进行减数分裂形成精子的过程中，初级精母细胞分裂为两个次级精母细胞时，等位基因会随着同源染色体的分离而分离；同理，初级卵母细胞在进行减数第一次分裂形成次级卵母细胞和极体时，等位基因也会随着同源染色体的分离而分离。