等位基因是指染色体上同一位置控制着相对性状的基因。

比如说果蝇性状，C和cc是一对等位基因，控制眼睛颜色CC红色cc白色，D和d是一对等位基因，控制翅膀外形。

C/c与D/d就是非等位基因。

 图片是果蝇染色体。