太医院的最高长官是太医院提点（正五品），下设使，副使，判官等，“掌诸医药，总判院事。

”此外，太医院中还设管勾主管医学教育，另还设有各种名称的太医和医官。

元代太医院。

秩正二品。

开始时长官为宣差，后改为尚医监、太医院提点等。

其行政隶属于宣徽院。

最高长官之下设院使、副使、判官等名目。

元代太医院掌管一切医药事务，官员品秩普遍高于任何朝代。

明代也设有太医院，其长官初始称作太医院令，后改称院使。

明代在北京和南京各设一个太医院，但是北京设置的太医院是最高医药管理机关，设有最高医政长官院使，下设院判。

而南京太医院只设院判不设院使，以便服从于北京太医院的领导。

清代只设一个太医院，院使正五品，总揽医药行政及医疗大权。