防治炭疽病可采取以下方法：（1）轮作实行与非瓜类作物3年以上轮作。

（2）选用抗病品种黄瓜的津研系列、津杂1号、津杂2号、津春1号、中农5号、中农13；甜瓜的伊丽莎白、龙蜜1号较抗炭疽病。

（3）种子处理播前可用55℃温水浸种20～30分钟，捞出晾干后催芽播种；也可用种子重量0.3%的25%炭特灵（溴菌腈）可湿性粉剂，或25%施保功（咪鲜胺锰盐）可湿性粉剂，或50%利得（福·异菌）可湿性粉剂拌种。

（4）栽培防病施足充分腐熟的有机肥，采用地膜覆盖和滴灌、管灌或膜下暗灌等节水灌溉技术，控制氮肥用量，增施磷、钾肥，及时清除病瓜，避免阴天或有露水时进行农事操作，避免田间积水，保护地应加强通风，尽量降低空气湿度。

（5）药剂防治发病初期选用25%炭特灵（溴菌腈）可湿性粉剂600倍液，或50%施保功（咪鲜胺锰盐）可湿性粉剂1000～1500倍液，或80%炭疽福美（福·福锌）可湿性粉剂600～800倍液，或50%利得（福·异菌）可湿性粉剂800～1000倍液，或10%世高（苯醚甲环唑）水分散粒剂2000～3000倍液，或50%翠贝（醚菌酯）干悬浮剂3000～4000倍液，或25%阿米西达（嘧菌酯）悬浮剂1500倍液，或80%大生（代森锰锌）可湿性粉剂600倍液，或2%农抗120（嘧啶核苷类抗菌素）水剂200倍液，或2%加收米（春雷霉素）水剂600倍液喷雾。

保护地可采用常温烟雾施药防治。

炭疽病菌在适宜条件下繁殖量很大，用药要早，隔7～10天喷施1次，连续防治3次以上。