最根本的区别是理论基础不同。

　　1.中医学以阴阳五行作为理论基础，将人体看成是气、形、神的统一体，通过望、闻、问、切，四诊合参的方法，探求病因、病性、病位、分析病机及人体内五脏六腑、经络关节、气血津液的变化、判断邪正消长，进而得出病名，归纳出证型，以辨证论治原则，制定“汗、吐、下、和、温、清、补、消”等治法，使用中药、针灸、推拿、按摩、拔罐、气功、食疗等多种治疗手段，使人体达到阴阳调和而康复。

　　2.蒙医以“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根的关系作为理论基础，来解释人体的生理、病理现象。

所谓“赫依”，是指各种生理功能的动力。

凡是思维、语言、动作及各脏器的功能活动，都受它支配。

如果“赫依”功能失常，则会导致脏腑功能减弱，表现为神志异常、失眠、健忘等。

“希拉”有火热之意。

机体的体温、各组织器官的热能及精神的振奋等都是“希拉”在发挥作用。

“希拉”偏盛，就会发生各种温热病，如口苦、吐酸、神情狂躁等表现。

“巴达干”是指体内的一种粘液状物质，具有寒性的特征。

“巴达干”的功能失调，除了表现为一般寒性征象外，还易导致水液的停滞不化而出现各种分泌物增多的现象。

　　其次中医是二元论，药理是四元五味，而蒙医基本原理是经络学，三元论，药理是五元六味。