看看学校属性就知道了，合肥工业大学是教育部直属211工程全国重点大学和985优势学科创新平台高校，而安徽大学则是安徽省属211工程的综合性大学，整体自然是合肥工业大学好，但合肥工业大学主要是工科实力强，文科类专业一般，安徽大学文科类专业远强于合肥工业大学，所以具体论专业的话应该说各有所长。

从分数线来看，两所学校在全国都是一本招生，在安徽省安徽大学要高于一本线20几分，合肥工业大学要高于一本线至少30多分，在其他省合肥工业大学的分数线也肯定高于安徽大学。