1990年冯小宁开始涉入电影编导工作，先后推出两部引起争议的影片《战争子午线》和《大气层消失》 。

在《战争子线》中冯小宁敢于大胆发挥电影表现手段的作用，在描述战争时态孩子们的生活时采用传统的写实手法，中间多处插入的“闪前”式画面时采用浪漫主义手法，他敢于强烈地抒发自己的意念，这种意念很有个性，善于借助孩子们在战争中艰苦卓绝的战斗生活进行抒发。

　　他的视野很开阔，有些场面拍得很有特色，如表现长城的 冯小宁镜头，不但有气势，而且富有诗意，有些专家指出《战争子午线》有点作家电影的味道，对冯小宁丰富的电影想象力和勇于创新的品格给予很高评价。

《大气层消失》是一部虚构的灾难片，旨在强调人类确实面临着日趋严重的环境污染问题，不能掉以轻心。

　　作为编导，冯小宁把一个很沉重的社会问题，环境污染问题，用一个非常巧妙的契机作为引子，讲述了一个观赏性较强的故事。

影片上映后产生了不小的震动。

从这部影片中，可以看出冯小宁有着很强的艺术家责任感和敏锐的思维。

在第十一届中国电影金鸡奖评选中，冯小宁凭《战争子午线》和《大气层消失》两片当之无愧地获得了导演特别奖。

冯小宁一直想拍一部有大山大川那种壮丽场景，有很深的内涵，有很好的视觉效果、很大气的片子。

所以他想到了本世纪初藏汉人民共同抗击侵略者的那段真实而悲壮的故事。

　　1996年底，经过无数辛苦磨难的《红河谷》如期完成。

影片创意恢宏，气势磅礴，场面壮观，风光瑰丽，制作精良。

十分强烈、十分激昂的讴歌、弘扬了中华民族抵御外来侵略的不屈不挠的英雄气概和爱国主义精神，成为一部融思想性、艺术性，观赏性于一体的鸿篇巨著。

该片获1996年度中国电影“华表奖”优秀故事片奖，冯小宁获优秀导演奖。